游戏中的组合奥义系统是战斗策略的重要组成部分，它允许玩家通过搭配特定的角色阵容来触发强力的合体忍术。这一系统不仅还原了动漫中的经典战斗场面，也显著增加了对战的深度与观赏性。玩家在组建队伍时，需要了解不同角色之间的羁绊关系，因为只有特定的角色组合才能成功发动这些华丽的联合攻击。
角色组合主要分为双人组合与三人组合，涵盖了游戏中大部分的重要角色关系。源自同一小队或拥有深厚渊源的忍者之间往往能够形成有效的搭配。这些组合的触发通常依赖于玩家在战斗准备阶段正确地选择对应的角色版本，并在战斗中积累足够的查克拉与风暴计量值，最后通过特定的按键指令来释放。
组合奥义的运用时机是决定胜负的关键之一。由于发动奥义需要一定的准备和消耗，过早使用可能会被对手防御或打断，而保留到关键时刻则能起到扭转战局的作用。玩家需要根据战况，合理规划查克拉的使用，在防御、忍术和奥义之间做出权衡。召唤队友进行援护不仅可以创造进攻机会，也能在蓄力准备发动组合奥义时提供宝贵的保护。
为了体验全部的组合奥义，玩家需要先解锁相关的角色。解锁角色的主要途径包括完成不同的游戏模式，例如忍者世界锦标赛模式及其支线任务、推进原创剧情章节以及挑战生存模式等。通过参与这些内容，玩家可以逐步扩充自己的可使用角色池，从而尝试更多样的队伍搭配。
玩家通过不断尝试各种角色搭配，不仅能发现最适合自己战斗风格的队伍，也能在过程中更深入地感受角色之间的联动与羁绊，这正是该游戏系统的设计精髓所在。
